【症状】 甜瓜菌核病主要危害茎基部和果实，也能危害茎蔓和叶，在甜瓜苗期至成株期均可发生。
茎染病，发病部位主要在茎基部和茎分叉处，发病初始产生水浸状斑，扩大后呈淡褐色，病茎软腐纵裂，病部以上茎蔓和叶凋萎枯死。湿度高时病部长出一层白色棉絮状菌丝体，受害后茎干内髓部受破坏，发病末期腐烂而中空，剥开可见白色菌丝体和黑色菌核。菌核鼠粪状，圆形或不规则形，早期白色，以后外部变为黑色，内部白色。[5]
果实染病，发病初时在幼果脐部，水浸状腐烂，果表长白色棉絮状菌丝及形成黑色粒状菌核。
叶片染病，初呈水浸状斑，扩大后成灰褐色近圆形大斑，边缘不明显，病部软腐，并产生白色棉絮状菌丝，一般在叶片上不产生黑色鼠粪状菌核，只在发病严重时产生黑色鼠粪状菌核。